Perkumpulan mempunyai misi sebagai berikut:

1. Membangun dan memperkuat hubungan antar pemangku kepentingan perikanan Purse Seine dan memimpin pengembangan kebijakan yang berkelanjutan dan adil tapi tidak eksklusif hanya bagi anggota asosiasi, Pemerintah Indonesia dan lembaga swadaya masyarakat

2. Memperkuat kapasitas perkumpulan dan anggotanya untuk secara aktif berkontribusi dalam pengumpulan data dan peningkatan kepatuhan terhadap peraturan-peraturan yang berlaku guna memperkuat pengelolaan perikanan berkelanjutan di Indonesia.

3. Meningkatkan daya saing sektor perikanan Purse Seine dengan menjadi yang terdepan dan proaktif baik di dalam negeri maupun komunitas internasional dalam menggerakkan, mempromosikan dan memasarkan produk dari perikanan Purse Seine yang berkelanjutan.